在机动车与非机动车发生交通事故且双方负有同等责任的情况下，机动车损失的赔付流程通常遵循以下步骤：
一、交强险赔付
首先，机动车方需要向其所投保的交强险公司提出索赔申请。交强险是一种强制保险，旨在保障交通事故中受害人的基本权益。保险公司会在交强险的责任限额内对非机动车方的损失进行理赔。如果机动车方也有损失，比如车辆损坏，那么这部分损失在交强险的赔付范围内也会得到相应的补偿，但主要是用于弥补非机动车方的损失。
二、超出交强险部分的分担
如果机动车的损失超过了交强险的赔付限额，那么超出的部分需要由双方按照各自的责任比例来分担。在同等责任的情况下，一般是双方各承担50%的损失。例如，如果非机动车方导致机动车的车辆损失达到了10000元，而交强险只能赔偿2000元，那么剩下的8000元就需要由双方各承担4000元。
三、考虑实际情况的灵活性
虽然理论上双方各承担50%的损失，但在实际操作中，法院或保险公司可能会考虑到非机动车方相对弱势的地位，以及机动车方在事故中的具体情况（如是否购买了商业险、车辆价值等），对赔偿比例进行适当调整。例如，在某些情况下，机动车方可能需要承担稍多一些的损失。
四、法律依据
根据《道路交通安全法》及相关司法解释，机动车与非机动车之间发生交通事故，在负同等责任的情况下，赔偿首先由交强险在责任限额范围内予以赔偿，超出部分由双方按照责任比例分担。这些规定为机动车与非机动车之间的交通事故赔偿提供了明确的法律依据。
五、注意事项
综上所述，机动车与非机动车在同等责任下的损失赔付是一个涉及交强险、责任比例分担以及实际情况考虑等多方面因素的复杂过程。双方应依据法律法规和实际情况进行协商和处理，以确保赔偿的公平和合理。