当机动车与非机动车在交通事故中负有同等责任时，赔偿的处理方式是一个涉及多个步骤和法律条款的复杂过程。以下是对这一问题的详细解答：

一、赔偿的基本原则

在机动车与非机动车同等责任的情况下，赔偿通常遵循以下原则：

1. 交强险优先赔偿：首先，由机动车的交强险在责任限额内进行赔偿。交强险的赔偿限额包括死亡伤残赔偿限额18万元、医疗费用赔偿限额1.8万元、财产损失赔偿限额2000元。

2. 超出部分按责任比例分担：对于超出交强险赔偿限额的部分，双方按照同等责任比例分担。但需要注意的是，实际操作中，机动车一方往往承担稍高的比例（如60%-70%），而非机动车一方承担较低的比例（如30%-40%），这取决于具体地区的司法实践和保险条款。

二、具体赔偿步骤

1. 财产损失赔偿：

   • 双方财产损失首先在交强险的2000元财产损失赔偿限额内进行赔偿。
   • 超出部分，双方按责任比例分担。

2. 医疗费用赔偿：

   • 医疗费用首先在各自的交强险1.8万元医疗费用赔偿限额内进行赔偿。
   • 超出部分，同样按责任比例分担。例如，若一方医疗费用为2万元，交强险赔1.8万元，超出的2000元双方各承担1000元（按50%比例计算，但实际操作中可能按60%-40%比例）。

3. 死亡伤残赔偿：

   • 死亡伤残赔偿首先在各自的交强险18万元死亡伤残赔偿限额内进行赔偿。
   • 超出部分，按责任比例分担。

三、保险理赔的计算

1. 交强险理赔：

   • 交强险在责任限额内直接赔偿，无需考虑责任比例。

2. 商业三者险理赔（如机动车购买了商业三者险）：

   • 超出交强险部分，按责任比例（如60%-70%）由保险公司在商业三者险责任限额内进行赔偿。
   • 若仍有不足，由机动车一方按责任比例自行承担。

3. 非机动车一方的赔偿：

   • 非机动车一方也应按责任比例（如30%-40%）对机动车损失进行赔偿。

四、特殊情况的处理

• 车辆维修期间的替代性交通工具费用：若非机动车受损严重，无法正常使用，产生的合理交通费用应按责任比例分担。
• 双方均有违规：若事故由双方都存在违规行为所引发，需共同承担赔偿责任。首先由保险公司承担经济赔偿责任，随后再根据各方的损失情况进行等价折算，最后由其中一方支付剩余的赔偿金额。

五、法律依据

• 《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条：机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足的部分，按照各自过错的比例分担责任。
• 《道路交通事故处理程序规定》第六十条：公安机关交通管理部门应当根据当事人的行为对发生道路交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。

综上所述，机动车与非机动车在交通事故中负有同等责任时，赔偿的处理方式涉及交强险的优先赔偿、超出部分按责任比例分担、保险理赔的计算以及特殊情况的处理等多个方面。在实际操作中，应依据具体地区的司法实践和保险条款进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请咨询专业律师或保险机构。