在办理行政处罚案件中，如果主要证据已经灭失，行政机关应当依据现有情况，采取以下措施来处理：

首先，行政机关需要继续对案件进行深入调查，尝试收集其他可能存在的证据。这包括但不限于询问当事人、证人，调取相关监控录像、电子数据等，以尽可能还原事实真相。

其次，如果经过全面、客观、公正的调查后，仍然没有其他证据能够证明违法事实的存在，那么根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关应当作出不予处罚的决定。这是因为，行政处罚必须基于充分的事实和证据，不能仅凭推测或假设。

然而，如果行政机关在调查过程中找到了其他能够证明违法事实的证据，即使主要证据已经灭失，也可以依法给予行政处罚。这是因为，行政处罚的目的是为了维护社会秩序和公共利益，只要违法事实存在，且有其他证据可以证明，就应当依法进行处罚。

此外，值得注意的是，行政机关在调查或检查过程中，必须严格遵守法律程序，确保调查取证的合法性和公正性。同时，当事人也有权要求行政机关依法进行调查，并保障其合法权益。

综上所述，当行政处罚案件中的主要证据灭失时，行政机关应当继续深入调查，并根据调查结果依法作出处理决定。如果无法证明违法事实的存在，则应当作出不予处罚的决定；如果找到了其他能够证明违法事实的证据，则应当依法给予行政处罚。