员工监守自盗并非都会立案，而是需要满足一定的条件。具体来说：
职务侵占罪与立案标准：
- 若员工监守自盗的行为构成职务侵占罪，即公司、企业或其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，且数额达到三万元以上的，应立案追诉。这是职务侵占罪的基本立案标准。
盗窃罪与立案标准：
- 若员工监守自盗的行为构成盗窃罪，则盗窃公私财物价值一千元至三千元以上即属于数额较大，应立案追诉。但需要注意的是，各省、自治区、直辖市高级人民法院、人民检察院可根据本地区经济发展状况，并考虑社会治安状况，在前述数额幅度内确定本地区执行的具体数额标准。
- 同时，对于多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃等情形，即使数额未达到上述标准，也应立案追诉。
其他影响因素：
- 除了数额标准外，立案还可能受到行为性质、手段等因素的影响。例如，如果监守自盗行为涉及国家公职人员，则可能涉嫌贪污罪，其立案标准和法律后果将更为严重。
- 另外，证据的充分性也是立案的重要因素。司法机关在立案侦查时，会严格审查证据材料，只有当证据确实、充分，能够证明行为人实施了盗窃行为时，才会依法对案件进行立案侦查。
综上所述，员工监守自盗是否会立案，取决于行为的具体性质、数额以及证据情况等多个因素。如果你或你的企业遇到了类似问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解相关法律规定并采取相应的法律措施。