劳务派遣单位的章程在申请备案时是需要提交的材料之一，因此，劳务派遣章程应当是备案版。以下是具体的分析：

备案要求

根据厦门自贸片区劳务派遣单位备案管理实施细则，劳务派遣单位在申请备案时，需要提交一系列的材料，其中就包括公司章程（原件和复印件）。这意味着，章程作为备案申请的一部分，必须符合备案的要求，即应为备案版。

备案材料的具体内容

在申请备案时，除了公司章程外，还需要提交以下材料：

1. 劳务派遣单位备案申请书；
2. 营业执照（原件和复印件）；
3. 验资机构出具的验资报告（筹建中的新公司）或者财务审计报告（已成立的公司）（原件和复印件）；
4. 经营场所的使用证明；
5. 与开展业务相适应的办公设施设备、信息管理系统等清单；
6. 法定代表人的身份证明（原件和复印件）；
7. 劳务派遣相关管理制度；
8. 劳务派遣协议文本；
9. 《授权委托书》和经办人员身份证复印件。

备案的重要性

劳务派遣单位进行备案管理，是为了进一步简政放权、创新政府管理方式、规范行政备案的实施。备案不仅是对劳务派遣单位的一种监管手段，也是保障被派遣劳动者权益的重要措施。因此，提交符合要求的备案材料，包括备案版的公司章程，是劳务派遣单位应尽的责任。

综上所述，劳务派遣章程在申请备案时应当是备案版，这是符合备案管理实施细则的要求的。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。