发包单位在向包工头追偿时，通常不应当直接扣除意外伤害险保险公司承担的部分。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律关系分析：

   • 发包单位与包工头之间通常存在的是承包或劳务分包关系，而工伤赔偿是基于劳动者与用人单位（或实际用工主体）之间的劳动关系产生的。
   • 意外伤害险是发包单位或包工头为劳动者投保的，用于在劳动者发生意外伤害时提供经济保障的保险。

2. 赔偿与追偿的独立性：

   • 工伤赔偿是发包单位（或实际用工主体）对受伤劳动者承担的法定责任，其赔偿范围和金额通常依据劳动法律法规和工伤保险政策确定。
   • 发包单位向包工头追偿是基于双方之间的合同关系或法律规定，针对包工头在履行承包或劳务分包合同过程中的违约行为或过错责任进行的。

3. 保险公司承担部分的处理：

   • 意外伤害险的赔付是保险公司根据保险合同条款对受伤劳动者进行的直接赔偿，与发包单位和包工头之间的赔偿或追偿关系相对独立。
   • 除非在特定的合同或协议中有明确约定，否则发包单位在向包工头追偿时，通常无权直接扣除保险公司已经承担的部分。

4. 实际操作建议：

   • 在处理工伤赔偿和追偿问题时，发包单位应首先明确自身的法律责任和赔偿义务，并依据相关法律法规和政策进行妥善处理。
   • 若发包单位与包工头之间就追偿问题存在争议，建议双方通过协商、调解或诉讼等方式解决，并咨询专业律师的意见。

综上所述，发包单位在向包工头追偿时，通常不应当直接扣除意外伤害险保险公司承担的部分。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。