公交司机请病假扣基本工资的做法，需要根据具体情况来判断是否合法。

首先，我们要明确的是，劳动者在病假期间，其合法权益是受到法律保护的。《劳动法》等相关法律法规规定，劳动者因病或者非因工负伤需要停止工作进行治疗的，用人单位应当根据劳动者实际工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期，并在医疗期内支付病假工资或疾病救济费。

接下来，我们分析公交司机请病假扣基本工资的情况：

1. 如果公交司机请病假是在医疗期内，且符合用人单位的病假管理制度：

   • 用人单位应当按照法律法规和内部规章制度的规定，支付公交司机病假工资或疾病救济费，而不应直接扣除基本工资。
   • 病假工资或疾病救济费的具体标准，可能因地区、行业及用人单位内部规定而有所不同，但通常应不低于当地最低工资标准的80%。

2. 如果公交司机请病假超出了医疗期，或者不符合用人单位的病假管理制度：

   • 用人单位可能会根据内部规章制度，对超出医疗期或不符合病假管理制度的公交司机进行一定的处理，包括扣减工资等。
   • 但这种扣减应当符合法律法规的规定，且不能侵犯劳动者的合法权益。

综上所述，公交司机请病假扣基本工资的做法，并不是一概而论的。它取决于公交司机是否处于医疗期内、是否符合用人单位的病假管理制度，以及用人单位内部规章制度的具体规定。如果用人单位的做法违反了法律法规或侵犯了劳动者的合法权益，公交司机可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

因此，建议公交司机在请病假前，先了解清楚用人单位的病假管理制度和相关法律法规，以确保自己的合法权益得到保障。如果有任何疑问或纠纷，可以及时向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。