当双方合作开发协议中一方不履行时，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
结论前置
首先，您应查看协议中是否明确规定了违约责任及争议解决条款，并按照条款执行。一般来说，法律建议首先尝试与对方协商，要求对方履约并承担责任，同时保留好相关证据。若协商无果，您可以向有管辖权的法院提起诉讼，或根据协议中的仲裁条款申请仲裁，要求对方继续履约并赔偿损失。
详细分析
查看协议条款：
- 仔细检查合作协议，特别是关于违约责任和争议解决的条款。这些条款通常规定了双方在不履行协议时应承担的责任，以及解决争议的方式（如诉讼或仲裁）。
尝试协商：
- 在采取法律行动之前，建议首先与对方进行友好协商。通过书面或口头形式明确指出对方未履行协议的行为及给您造成的损失，并尝试通过沟通达成一致，督促对方履行协议义务。
保留证据：
- 在协商和后续的法律程序中，保留好所有相关证据至关重要。这些证据包括合作协议、双方沟通记录（如邮件、短信、微信等）、对方未履行的相关凭证，以及您因此遭受损失的证明等。
提起诉讼或仲裁：
- 若协商无果，您可以根据协议中的争议解决条款选择向有管辖权的人民法院提起诉讼，或向约定的仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，您需要提交充分的证据来支持自己的主张，并要求对方承担违约责任，如继续履行合同、支付违约金、赔偿损失等。
注意诉讼时效：
- 在提起诉讼或仲裁时，还需注意诉讼时效的规定。根据相关法律法规，超过诉讼时效可能会丧失胜诉权。因此，务必在规定的时效期内采取法律行动。
法律依据
- 《民法典》第五百零九条：当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
- 《民法典》第五百七十七条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
综上所述，当双方合作开发协议中一方不履行时，您应首先查看协议条款，尝试与对方协商，并保留好相关证据。若协商无果，您可以根据协议中的争议解决条款选择提起诉讼或仲裁来维护自己的合法权益。