合同约定按合同总额的0.1%每天计算违约金，其合法性需根据具体情况判断。
合法情况：
- 如果合同双方是在平等自愿、协商一致的基础上约定该违约金比例，并且在订立合同时双方都能合理预见该违约条款的后果，那么这种约定通常是合法的。在很多商业合同或者民间借贷合同等情形下，这样的违约金约定有助于保障合同的履行和守约方的权益。
- 违约金的目的是为了补偿守约方因对方违约所造成的实际损失。如果按此比例计算的违约金与违约所造成的实际损失相当，或者没有过分高于实际损失，那么这样的约定是符合法律规定的。
可能不合法或需调整的情况：
- 如果该违约金比例明显过高，导致违约方承担的责任过重，严重超出违约行为所造成的实际损失，那么违约方在诉讼或者仲裁过程中可以请求法院或者仲裁机构予以适当减少。
- 法院或者仲裁机构会以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量并作出裁决。
法律依据：
- 《民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
综上所述，合同约定按合同总额的0.1%每天计算违约金的合法性需根据具体情况判断，关键在于该约定是否过分高于违约所造成的实际损失，以及是否符合公平原则和诚实信用原则。如果您在具体合同中遇到此类问题，可以进一步向我咨询，我将结合合同的具体内容和相关法律法规为您提供更详细的解答。