针对您提出的“克扣乡村医生值班工资被扣了怎么起诉”的问题，以下是我的详细解答：

首先，您可以通过法律途径来维护自己的合法权益，具体可以选择向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

1. 准备证据材料：

   • 收集并整理所有与工资克扣相关的证据，如工资条、银行流水、值班记录、劳动合同等。
   • 如果可能，收集证人证言，如同事、上级或相关知情人的陈述，以证明工资被克扣的事实。

2. 向劳动仲裁机构申请仲裁：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，您可以向当地的劳动仲裁委员会提出仲裁申请。
   • 提交仲裁申请书，并附上上述准备好的证据材料。
   • 等待劳动仲裁委员会的受理和裁决。如果仲裁委员会认定您的权益受到侵害，会作出相应的裁决，要求用人单位支付被克扣的工资及可能的赔偿金。

3. 向人民法院提起诉讼：

   • 如果您对劳动仲裁委员会的裁决不满意，或者仲裁委员会未予受理，您可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
   • 提交起诉状，并附上所有相关证据材料。
   • 等待法院的受理和审判。如果法院认定您的权益受到侵害，会作出判决，要求用人单位承担相应的法律责任。

4. 注意事项：

   • 在整个过程中，请确保您的证据真实、合法、有效。
   • 遵守法律程序，尊重仲裁机构和法院的裁决。
   • 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。

综上所述，面对工资被克扣的问题，您可以通过准备证据材料、向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。如果您在操作过程中遇到任何困难或疑问，可以随时向我咨询。