超市办理购物卡超过1000元面额而不实名认证是违法的。具体分析如下：

根据国务院办公厅转发的《关于规范商业预付卡管理的意见》，对于不记名商业预付卡，其面值是有明确限制的，即不超过1000元。这是为了防范利用购物卡进行洗钱、套现、偷逃税款以及行贿受贿等不法行为。若超市发行的购物卡面值超过了这一限制，并且没有进行实名认证，那么就违反了这一规定。

在实际操作中，虽然可能存在某些超市暂未严格执行这一规定的情况，但这并不改变其违法性。作为消费者，如果遇到超市违规发行购物卡的情况，可以向相关部门进行举报，以维护市场秩序和自身权益。

因此，超市在办理购物卡时，应严格遵守相关规定，确保购物卡的面值在合法范围内，并进行必要的实名认证。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。