未按批准施工方案施工，应首先由相关部门责令停止施工，并依法进行处罚，包括罚款、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等；若构成犯罪的，还需依法追究刑事责任。具体分析如下：

一. 责令停止施工与处罚

1. 责令停止施工：根据《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，对于未按照批准的施工方案进行施工的，发证机关应责令停止施工，并限期改正。这是首要的处理措施，以确保施工活动不会进一步违规或造成安全隐患。
2. 依法处罚：根据违规的严重程度，相关部门将依据《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等法律法规，对施工单位进行罚款、责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等处罚。这些处罚旨在惩罚违规行为，并督促施工单位遵守规定。

二. 追究刑事责任

• 若未按批准施工方案施工导致重大安全事故或构成其他犯罪的，根据《刑法》的相关规定，将依法追究刑事责任。例如，构成工程重大安全事故罪的，将可能面临有期徒刑、拘役或罚金的刑罚。

三. 后续整改与监督

• 在被责令停止施工并接受处罚后，施工单位需按照要求进行整改，并重新提交施工方案进行审批。同时，相关部门将加强对施工单位的监督和管理，确保其严格按照批准的施工方案进行施工。

我建议：施工单位应严格遵守相关法律法规和施工方案的要求，确保施工活动的合法性和安全性。如遇违规行为，应积极配合相关部门的调查和处理，及时整改并加强内部管理，以避免类似问题的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。