针对您提出的“南水北调的水表顶坑距农户房屋西南角下的化粪池一点2米是否合法”的问题，这主要涉及到建设项目的规划、审批以及可能对周边居民生活造成的影响等多个方面。以下是我从法律角度进行的分析：
一、结论前置
是否合法需根据具体情况判断，主要考虑因素包括水表顶坑的建设是否经过合法审批、是否符合相关规划要求，以及是否对周边居民（包括您提到的农户）的合法权益造成侵害。
二、详细分析
建设审批与规划：
- 水表顶坑作为南水北调工程的一部分，其建设应当遵循国家关于水利工程建设的相关法律法规，包括但不限于《中华人民共和国水法》、《水利工程建设程序管理暂行规定》等。
- 建设前，应依法进行项目审批、规划许可等程序，确保建设活动的合法性和合规性。
- 如果水表顶坑的建设未经合法审批或违反规划要求，那么其建设行为本身就是不合法的。
对周边居民的影响：
- 您提到水表顶坑距农户房屋西南角下的化粪池仅1.2米，这可能会引发关于安全、卫生、环境等多方面的担忧。
- 根据《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国水污染防治法》等法律法规，建设项目应当采取措施防止对周边环境造成污染或破坏。
- 如果水表顶坑的建设或运营对农户的化粪池造成污染或安全隐患，那么这种建设行为可能侵犯了农户的合法权益。
法律救济途径：
- 如果认为水表顶坑的建设或运营侵犯了您的合法权益，您可以依法向相关部门投诉或举报，要求停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等。
- 在必要时，也可以寻求法律援助或咨询专业律师（如我），通过法律途径维护自己的合法权益。
三、建议
- 首先，建议您了解水表顶坑的建设是否经过合法审批，以及是否符合相关规划要求。
- 其次，如果认为建设行为对您的合法权益造成侵害，应及时收集证据，并向相关部门反映情况。
- 最后，如果需要进一步的法律帮助或咨询，请随时联系我，我将竭诚为您提供专业的法律服务。