工程公司账户被冻结，若该账户非农民工工资专用账户，则不会影响农民工专用账户；若被冻结的账户正是农民工工资专用账户，则会影响农民工工资的发放。具体分析如下：

一. 账户性质决定了冻结的影响

1. 非农民工工资专用账户被冻结：若工程公司的其他账户（非农民工工资专用账户）被冻结，由于农民工工资专用账户具有特殊性，通常用于专门支付农民工工资，且根据相关规定，除支付农民工工资或法律另有规定外，不得查封、冻结或划拨该账户资金。因此，这种情况下，农民工专用账户不会受到影响，农民工工资仍可正常发放。

2. 农民工工资专用账户被冻结：若工程公司的农民工工资专用账户被冻结，则直接影响了农民工工资的发放。因为该账户内的资金无法自由流动，用于支付农民工工资的资金将被冻结，可能导致农民工无法按时收到工资。

二. 法律依据与实例

• 根据相关规定，农民工工资专用账户资金具有特殊保护，除特定情况外不得被查封、冻结或划拨。这一规定旨在保障农民工的合法权益，确保他们能够按时收到工资。
• 以您提供的窗口故事为例，某建工公司的银行账户被冻结，但由于该账户被错误地识别为非农民工工资专用账户，导致农民工工资无法发放。后经检察机关调查确认，该账户实为农民工工资专用账户，最终通过执行和解协议解决了问题，账户得以解冻，农民工工资得以发放。

我建议：工程公司应确保农民工工资专用账户的正确设立和使用，避免账户被错误冻结。同时，若遇到账户被冻结的情况，应及时与相关部门沟通，明确账户性质，确保农民工工资的按时发放。如有进一步需要，您可以继续咨询我。