协商结清贷款后，柜台现金支付通常可以开具结清证明。以下是对此问题的详细解答：

1. 一般情况：在大多数金融机构中，当你与贷款机构协商好结清贷款，并选择在柜台通过现金方式支付剩余贷款本金、利息及可能产生的其他费用后，贷款机构会根据你的还款情况，出具一份贷款结清证明。这份证明是官方文件，用于确认你的贷款已经全部偿还完毕，不再有任何欠款。

2. 特殊情况：虽然大多数情况下可以开具结清证明，但也可能存在某些特殊情况。例如，有些贷款机构可能有特定的内部流程或规定，要求通过特定的支付方式（如银行转账）才能开具结清证明。此外，如果贷款合同中明确规定了结清证明的开具条件和流程，那么你需要按照合同中的约定来操作。

3. 建议：为了确保能够顺利获得结清证明，建议你在前往柜台支付现金前，先与贷款机构联系，确认他们的具体要求和流程。同时，保留好所有与贷款结清相关的凭证和文件，如还款收据、银行流水等，以备不时之需。

综上所述，协商结清贷款后，在柜台通过现金支付通常是可以开具结清证明的。但为了确保万无一失，最好还是提前与贷款机构沟通确认。如果你在这个过程中遇到任何法律问题或疑问，都可以直接向我咨询。