市自然管理局的二次答复是否违法，需具体分析答复的内容及其作出的程序和依据。以下是对此问题的详细分析：

一. 判断二次答复的合法性需考虑的因素

1. 答复内容是否基于新的事实或证据：

   • 如果二次答复是基于新发现的事实或证据，且这些新事实或证据对原答复有实质性影响，那么二次答复通常是合法的。
   • 例如，市自然管理局在初次答复后，又发现了新的相关法规或政策，这些新规定影响了原答复的合法性或准确性，此时作出二次答复是合理的。

2. 答复程序是否合法：

   • 二次答复必须遵循法定的程序，包括答复的提出、审议、决定等环节，都应符合相关法律法规的规定。
   • 如果二次答复的程序存在违法，如未经法定程序审议或未依法告知当事人等，那么该答复就是违法的。

3. 答复是否违反法律法规：

   • 二次答复的内容必须严格符合相关法律法规的规定，不得违反法律原则或具体法条。
   • 例如，如果二次答复的内容与现行法律、法规或政策相抵触，或者侵犯了当事人的合法权益，那么该答复就是违法的。

二. 结合具体情境进行分析

• 情境一：如果市自然管理局的二次答复是基于新的事实或证据，且程序合法，内容符合法律法规，那么该答复就是合法的。
• 情境二：如果二次答复没有新的事实或证据支持，或者程序存在违法，或者内容违反法律法规，那么该答复就是违法的。

三. 结论与建议

• 结论：因此，要判断市自然管理局的二次答复是否违法，需要具体分析答复的内容、程序及其依据的法律法规。
• 建议：如果您认为市自然管理局的二次答复存在违法问题，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护您的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。