针对您提出的问题，即“父亲以儿子身份证注册公司，又在相关协议上父亲签字，是否有效，以及可能的判决”，我将从法律角度进行详细分析。

结论前置

1. 一般情况下无效：父亲使用儿子的身份证注册公司，并在相关协议上签字，这种行为在大多数情况下是无效的，因为它涉及到身份冒用和可能的欺诈行为。
2. 具体判决需视情况而定：法院在判决此类案件时，会综合考虑多种因素，包括但不限于双方的真实意图、是否存在欺诈、是否对公司或第三方造成了损害等。

深度分析

1. 身份冒用的法律后果：

   • 父亲使用儿子的身份证注册公司，属于身份冒用行为。根据相关法律法规，身份冒用是违法的，可能导致民事责任、行政责任甚至刑事责任。
   • 在公司注册过程中，提交虚假材料或冒用他人身份，可能导致公司注册无效，甚至被撤销。

2. 协议签字的有效性：

   • 父亲在相关协议上签字，但由于其并非真正的公司法定代表人或授权代表，因此该签字可能无效。
   • 如果协议中明确规定了签字人的身份和权限，而父亲不符合这些要求，那么他的签字将不具有法律效力。

3. 法院判决的考量因素：

   • 法院在判决此类案件时，会审查双方的真实意图、是否存在欺诈行为、是否对公司或第三方造成了损害等因素。
   • 如果父亲的行为被认定为欺诈，那么相关协议可能被判定为无效，公司注册也可能被撤销。
   • 如果父亲的行为对公司或第三方造成了损害，他可能需要承担赔偿责任。

4. 法律建议：

   • 对于此类情况，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律后果和应对措施。
   • 如果儿子并未参与公司的注册和经营，他应尽快向相关部门举报父亲的冒用行为，以保护自己的合法权益。
   • 如果公司已经注册并运营，且涉及到了第三方利益，那么需要更加谨慎地处理此事，以避免可能的法律纠纷和赔偿责任。

综上所述，父亲以儿子身份证注册公司并在相关协议上签字的行为，在大多数情况下是无效的。具体判决需视情况而定，法院会综合考虑多种因素来作出判决。如果您或您的家人遇到了类似的问题，建议尽快咨询专业律师以获取法律帮助。