市场监管局不可以在三年以后对药店销售假药的行为进行处罚。下面我将对此进行详细分析：

一. 追诉时效的规定

• 销售假药属于违法行为，对于此类行为，法律上有着明确的追诉时效规定。根据相关法律法规，追诉时效一般为两年，自违法行为发生之日起计算。

二. 追诉时效的适用

• 在本案例中，市场监管局在三年前就发现了药店销售假药的行为。如果当时没有立即进行处罚，而是在三年后才决定处罚，那么就已经超过了法定的追诉时效。

三. 超过追诉时效的后果

• 一旦超过了追诉时效，行政机关就失去了对违法行为进行处罚的权力。因此，市场监管局在三年后对药店销售假药的行为进行处罚是不合法的。

四. 民事责任的承担

• 虽然行政处罚可能因为超过追诉时效而无法实施，但受害者仍然可以通过民事途径要求药店承担赔偿损失等民事责任。这是因为民事责任与行政责任是独立的，不受追诉时效的限制。

综上所述，市场监管局不可以在三年以后对药店销售假药的行为进行处罚，因为已经超过了法定的追诉时效。不过，受害者仍然可以通过民事途径来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。