合同约定专属管辖和非专属管辖的主要区别在于其法律效力、适用场景以及能否通过协议变更。
法律效力与适用场景：
- 专属管辖：具有优先性、排他性与强制性，通常适用于与特定地域或特定类型案件紧密相关的纠纷，如不动产纠纷、港口作业纠纷、继承遗产纠纷等。这类纠纷由法律明确规定只能由特定法院管辖，不允许当事人通过协议变更管辖。
- 非专属管辖：则相对灵活，适用于除专属管辖外的其他类型合同纠纷。当事人可以在合同中协商确定管辖法院，选择范围包括被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院。
能否通过协议变更：
- 专属管辖：不能通过协议变更。即使当事人在合同中约定了其他管辖法院，如果该约定违反了专属管辖的规定，也将被认定为无效。
- 非专属管辖：可以通过协议变更。当事人可以在合同中自由约定管辖法院，只要该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，即具有法律效力。
举例来说，如果是一份关于房屋买卖的合同，由于房屋属于不动产，因此该合同纠纷应适用专属管辖，由房屋所在地人民法院管辖。即使合同双方在合同中约定了其他管辖法院，该约定也是无效的。而如果是一份关于货物买卖的合同，双方则可以在合同中自由约定管辖法院，选择对自己便利的法院进行诉讼。
综上所述，专属管辖和非专属管辖在法律效力、适用场景以及能否通过协议变更等方面存在显著差异。在签订合同时，当事人应根据纠纷类型和实际情况谨慎选择管辖条款，以确保在发生纠纷时能够迅速、有效地维护自身合法权益。