专属管辖和协议管辖是两种截然不同的管辖制度，它们在法律适用和案件处理上具有显著的区别。

一、专属管辖

专属管辖，是指法律强制规定某类案件只能由特定法院管辖，其它法院无权管辖，也不允许当事人协议变更管辖。专属管辖具有优先性、排他性与强制性，是法院管辖独有的制度，仲裁没有专属管辖。在我国，专属管辖主要适用于以下几类案件：

1. 因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地法院管辖。不动产是指不能移动或移动后会降低或丧失其价值的财产，如土地及其上的房屋等。
2. 因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖。这类案件专业性强，与港口的实际情况紧密相关。
3. 因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或主要遗产所在地人民法院管辖。此规定有助于确定遗产范围、核实继承人情况。

此外，涉外案件中的某些合同纠纷，如在我国履行的中外合资经营企业合同纠纷、中外合作经营企业合同纠纷等，也属于专属管辖的范畴。

二、协议管辖

协议管辖，又称约定管辖，是指双方当事人在合同纠纷发生之前或发生之后，以书面协议的形式约定管辖法院。根据《民事诉讼法》的规定，合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。

三、专属管辖与协议管辖的区别

1. 法律性质不同：专属管辖是法律强制规定的，具有优先性、排他性与强制性；而协议管辖是双方当事人自愿约定的，但必须遵守法律对级别管辖和专属管辖的规定。
2. 适用范围不同：专属管辖主要适用于不动产纠纷、港口作业纠纷、继承遗产纠纷等特定类型的案件；而协议管辖则适用于合同纠纷等可以通过约定来确定管辖法院的案件。
3. 管辖法院不同：专属管辖的法院是特定的，由法律明确规定；而协议管辖的法院则是由双方当事人通过书面协议约定的。
4. 变更方式不同：专属管辖不能通过协议变更；而协议管辖则可以根据双方当事人的协商进行变更，但变更后的管辖法院仍需遵守法律对级别管辖和专属管辖的规定。

综上所述，专属管辖和协议管辖在法律性质、适用范围、管辖法院以及变更方式等方面均存在显著差异。在实际应用中，应根据具体案件类型和法律规定来选择合适的管辖制度。