招标人授权代理公司回复异议是可以的。在建设工程招标过程中，招标人有权授权代理公司来处理相关事务，包括回复异议。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据相关法律法规，如《工程建设项目招标投标活动投诉处理办法》等，招标人或其授权的招标代理机构有责任对异议进行答复。这意味着，招标人可以选择自行答复异议，也可以授权代理公司来答复。

2. 授权的有效性：

   • 招标人授权代理公司回复异议时，应确保授权明确且有效。授权文件应明确代理公司的权限范围、代理期限以及代理事项等关键内容，以确保代理公司在授权范围内行事。

3. 代理公司的职责：

   • 作为招标人的代理公司，在回复异议时，应严格按照法律法规和招标文件的规定进行答复，确保答复的准确性和合法性。同时，代理公司还应保持与招标人的密切沟通，及时汇报异议处理进展和结果。

4. 异议人的权利：

   • 异议人对招标人或其代理公司的答复不满意时，有权按照相关法律法规的规定提出进一步的异议或投诉。但请注意，如果招标人已经对异议进行了合理答复，且异议人未能提供新的有效证据或理由，招标人有权不予再次答复。

综上所述，招标人授权代理公司回复异议是符合法律法规的。但招标人应确保授权明确且有效，代理公司也应严格按照法律法规和招标文件的规定进行答复。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。