处理供销社股权遗留问题，需要遵循法律法规，并结合实际情况，采取综合措施进行妥善解决。具体可以从以下几个方面入手：

一. 明确问题症结

1. 梳理历史遗留问题：首先，要对供销社的股权遗留问题进行全面梳理，包括股权归属不清、股权转让纠纷、股权证明文件缺失等问题。这可以通过查阅历史档案、与相关人员沟通等方式进行。

2. 评估影响：分析股权遗留问题对供销社运营、职工权益、社会稳定等方面的影响，以确定问题的紧迫性和解决的重要性。

二. 依法依规处理

1. 依据法律法规：处理股权遗留问题必须严格遵守《公司法》、《物权法》等相关法律法规，确保处理过程的合法性和公正性。

2. 完善股权证明：对于股权证明文件缺失或不完善的情况，应尽快补办或完善相关手续，以明确股权归属。

3. 解决权属纠纷：对于股权归属不清或存在纠纷的情况，应通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式，依法依规解决权属问题。

三. 加强组织协调

1. 成立专门机构：可以成立由供销社领导、法律顾问、财务人员等组成的专门机构，负责处理股权遗留问题。

2. 加强沟通协作：与相关部门、职工代表等保持密切沟通，共同协商解决方案，确保处理过程的透明度和公正性。

四. 注重实际效果

1. 确保职工权益：在处理股权遗留问题时，应充分考虑职工权益，确保职工合法权益不受损害。

2. 促进供销社发展：通过解决股权遗留问题，促进供销社的健康发展，提高供销社的市场竞争力和服务能力。

我建议，在处理供销社股权遗留问题时，应坚持依法依规、公平公正、注重实效的原则，确保问题得到妥善解决。同时，供销社也应加强内部管理，完善股权管理制度，防止类似问题再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。