在三位股东签字转让股权的情境中，若其中二人守约而一人违约不配合变更，关于谁来承担赔偿违约金的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

核心结论：违约的股东应当承担赔偿违约金的责任。

详细分析：

1. 合同约定原则：

   • 股权转让协议是股东之间自愿达成的契约，各方应严格遵守协议条款。
   • 若协议中明确规定了违约方需承担违约金，则违约股东应依据协议约定承担相应责任。

2. 违约责任归属：

   • 违约行为是由特定股东（即违约股东）实施的，其不配合变更的行为构成了对协议的违反。
   • 根据“谁违约，谁赔偿”的原则，违约股东应承担因违约行为给守约方造成的损失，包括违约金。

3. 法律后果：

   • 守约方有权要求违约股东支付违约金，以弥补因违约行为造成的经济损失。
   • 若违约股东拒不支付，守约方可通过法律途径追究其违约责任，包括但不限于提起诉讼或申请仲裁。

4. 特殊情况考虑：

   • 若股权转让协议中存在特殊约定，如违约金分担机制或免责条款，则需根据具体约定判断违约金的承担方式。
   • 但需注意的是，特殊约定不得违反法律法规的强制性规定，否则约定无效。

综上所述，在三位股东签字转让股权的情境中，若其中一人违约不配合变更，应由违约的股东承担赔偿违约金的责任。这是基于合同约定原则、违约责任归属以及法律后果的综合分析得出的结论。若您对此问题有进一步疑问或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。