如果领导被留置，且项目经理与领导有现金往来，纪委会很可能会调查资金来源。以下是对此问题的详细分析：

1. 纪委的调查权限与职责：

   • 纪委作为党的纪律检查机关，有权对党员和党组织进行监督，并调查处理违纪行为。
   • 当领导被留置时，通常意味着存在严重的违纪或违法嫌疑，纪委为了查明事实，会全面调查与该领导相关的经济往来和资金流动。

2. 现金往来的性质与影响：

   • 项目经理与领导之间的现金往来，如果涉及不正当的利益输送、权钱交易等，将构成违纪或违法行为。
   • 纪委在调查过程中，会重点关注这些现金往来的合法性、合规性，以及是否存在利益输送等不正当行为。

3. 资金来源的调查：

   • 纪委在调查现金往来时，必然会追查资金来源。这包括资金来源的合法性、资金流动的轨迹，以及资金是否用于正当用途等。
   • 如果资金来源不明、资金流动异常或存在其他可疑情况，纪委将进一步深入调查，并可能涉及其他相关部门或人员的配合。

4. 法律后果与建议：

   • 如果调查发现存在违纪或违法行为，相关责任人将面临党纪处分、法律制裁等后果。
   • 对于项目经理而言，如果与领导的现金往来存在不正当行为，也应承担相应的法律责任。
   • 建议相关人员积极配合纪委的调查工作，如实说明情况，提供必要证据材料。同时，也要加强自身的廉洁自律意识，避免涉及不正当的经济往来。

综上所述，如果领导被留置且项目经理与领导有现金往来，纪委会很可能会调查资金来源。因此，相关人员应做好配合调查的准备，并加强自身的廉洁自律。