用人单位以1000米体测不及格辞退员工，这一行为是否合法，需要具体分析。

首先，我们要明确的是，用人单位在解除劳动合同时，必须遵守《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。根据该法第三十九条第（一）项，劳动者在试用期间被证明不符合录用条件的，用人单位可以解除劳动合同。但这一条款的适用前提是，用人单位已经明确设定了合法、具体、客观的录用条件，并且这些条件已经向员工告知。

现在，我们针对用人单位以1000米体测不及格为理由辞退员工的情况进行分析：

1. 录用条件的合法性、明确性和具体性：

   • 用人单位是否已经将1000米体测作为录用条件之一，并且这一条件是否合法、明确、具体。如果体测并未作为录用条件提前告知员工，或者体测标准不明确，那么以此作为辞退理由可能不合法。

2. 考核流程与结果的有效性：

   • 用人单位是否建立了有效的考核流程，并且这一流程是否得到了公正的执行。如果体测过程存在不公，或者结果缺乏客观性，那么以此作为辞退依据同样可能不合法。

3. 证据充分性：

   • 用人单位是否能提供充分的事实证据证明员工1000米体测不及格，并且这一不及格情况与录用条件直接相关。如果证据不足或者与录用条件无直接关联，那么辞退决定可能面临法律风险。

综上所述，用人单位以1000米体测不及格辞退员工是否合法，取决于多个因素的综合考量。如果用人单位能够证明其录用条件的合法性、明确性和具体性，考核流程的有效性，以及证据的充分性，那么这一辞退决定可能合法。反之，如果任何一方面存在问题，那么辞退决定可能面临法律风险。

因此，我建议用人单位在做出辞退决定前，务必谨慎考虑上述因素，并确保所有程序都符合法律法规的要求。同时，员工如果对此类决定有异议，也可以及时向我咨询，以维护自己的合法权益。