开发商历史遗留问题主要由自然资源主管部门负责监督，具体法律法规规定如下：
一. 自然资源主管部门的主要职责
根据《中华人民共和国城乡规划法》及相关法律法规，自然资源主管部门（包括原国土资源管理部门）在城乡规划、土地利用、不动产登记等方面具有广泛的监管职责。对于开发商历史遗留问题，自然资源主管部门通常负责以下工作：
城乡规划核实：确保房地产开发项目符合城乡规划要求，对于未通过建设工程规划核实的项目，要求开发商补办相关手续或进行整改。
用地手续补办：对于用地手续不完善的历史遗留问题，自然资源主管部门负责根据实际情况，指导开发商采取划拨、协议出让等方式补办用地手续。
土地出让价款追缴：对于开发商欠缴土地出让价款及相关税费的情况，自然资源主管部门负责追缴，并按照“证缴分离”原则，在追缴过程中协调办理不动产登记手续。
二. 其他相关部门的协同监督
除了自然资源主管部门外，还有其他相关部门也参与开发商历史遗留问题的监督和处理工作：
住房和城乡建设部门：负责房地产开发项目的施工许可、工程质量监管等工作，对于存在工程质量问题的历史遗留项目，住房和城乡建设部门将参与处理。
消防部门：负责房地产开发项目的消防安全监管，对于未通过消防验收的历史遗留项目，消防部门将要求开发商进行整改。
市场监管部门：对于开发商在销售过程中存在的违法违规行为，如虚假宣传、价格欺诈等，市场监管部门将依法进行查处。
三. 法律法规的具体规定
《中华人民共和国城乡规划法》：该法规定了城乡规划的编制、审批、实施和监督检查等制度，对于违反城乡规划的行为，城乡规划主管部门有权进行处罚。
《中华人民共和国土地管理法》：该法规定了土地的所有权和使用权制度，以及土地利用规划、耕地保护、建设用地管理等方面的内容。对于开发商历史遗留问题中涉及的用地手续不完善、欠缴土地出让价款等问题，土地管理法规定了相应的处理措施。
《不动产登记暂行条例》：该条例规定了不动产登记机构、登记簿、登记程序、登记信息查询等方面的内容。对于开发商历史遗留问题中涉及的不动产登记难题，不动产登记暂行条例提供了明确的指导方针。
我的观点：开发商历史遗留问题涉及多个部门和多个法律法规的监管范围。在处理这类问题时，需要各相关部门密切配合，依法依规进行处理。对于开发商而言，应主动配合相关部门的监督和处理工作，积极履行自身责任和义务。