国有土地出让收入欠费，应由自然资源局提请法律诉讼程序。以下是详细分析：

一. 诉讼主体的确定

1. 自然资源局的角色：根据相关法律法规，自然资源局负责国有土地的管理和出让工作，包括土地出让金的收取。因此，当发生国有土地出让收入欠费时，自然资源局作为土地出让金的收取主体，有权提请法律诉讼程序。
2. 税务部门的角色：税务部门主要负责税收的征收和管理，而国有土地出让收入并非税收，因此税务部门不是提请法律诉讼程序的适格主体。

二. 法律依据

• 虽然具体的法律条文可能因地区而异，但通常国有土地出让收入的管理和追缴会由相关的土地管理法规或地方政府规章进行规定。这些法规或规章会明确自然资源局在土地出让收入管理和追缴方面的职责和权限。
• 例如，在某地区的土地管理法规中可能会规定：“自然资源局负责国有土地出让收入的管理和追缴工作，对欠费行为有权提请法律诉讼程序。”

三. 实际操作

• 在实际操作中，当发生国有土地出让收入欠费时，自然资源局会首先进行催缴。若催缴无果，自然资源局会依据相关法律法规和规章，向法院提起民事诉讼，要求欠费者支付欠缴的土地出让收入及相应的滞纳金或违约金。

综上所述，国有土地出让收入欠费时，应由自然资源局提请法律诉讼程序。这是由自然资源局在土地出让收入管理和追缴方面的职责和权限所决定的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。