针对您提出的“政府项目已完工但实施过程中变更金额大于百分之20需怎么处理，以及相关的法律依据”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
处理方式
依据合同约定处理：
- 当政府项目在实施过程中发生变更，且变更金额超过原定总量的20%时，首先应依据项目合同中的相关条款来处理。
- 合同中通常会明确工程量变更的计价方式、价款调整机制以及双方的权利和义务。
- 若合同中有明确条款规定如何处理此类变更，则应严格按照合同执行。
协商与谈判：
- 如果合同中没有具体规定或规定不明确，双方（即建设单位与承包商）应进行友好协商，就变更后的工程价款、工期调整等事宜达成一致。
- 协商过程中，应充分考虑变更对项目成本、进度和质量的影响，以及双方的合理利益。
参考相关计价规范：
- 若协商不成，且合同中未约定具体的计价方法，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准来结算工程价款。
资料收集与整理：
- 在变更实施过程中，双方应做好相关资料的收集与整理工作，包括变更的原因、依据、工程量计算过程、单价调整依据等。
- 这些资料对于后续的结算、审计等工作至关重要，能确保工程量变更的处理符合规定及双方利益。
法律依据
- 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条：
- 当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
- 因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
综上所述，当政府项目已完工但实施过程中变更金额大于百分之20时，应首先依据合同约定处理；若合同无明确规定或协商不成，则可参考相关计价规范进行结算。在处理过程中，双方应做好资料收集与整理工作，并确保处理结果符合法律法规的规定及双方的合理利益。