关于“承包小区自来水配套工程由谁付款”的问题，这通常取决于具体的合同约定以及相关的法律法规。一般来说，可以从以下几个方面进行分析：
合同约定：
- 在建设工程合同中，通常会明确约定工程款的支付方、支付时间、支付方式等条款。因此，首先需要查看合同中的相关约定，以确定由谁承担自来水配套工程的付款责任。
- 如果合同中明确约定了由开发商、物业公司或业主委员会等某一方支付工程款，那么就应该按照合同的约定来履行。
法律法规：
- 在没有合同约定或合同约定不明确的情况下，可以参照相关的法律法规来确定付款责任。例如，《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》等法律中，对于建设工程的发包、承包、施工、验收、付款等环节都有相应的规定。
- 根据这些法律法规，通常可以推断出，如果自来水配套工程是作为小区配套设施的一部分，且是由开发商负责建设的，那么开发商通常应当承担付款责任。但如果该工程是由业主委员会或物业公司单独发包给施工单位进行建设的，那么付款责任则可能由业主委员会或物业公司承担。
实际情况：
- 除了合同约定和法律法规外，还需要考虑实际的施工情况和付款情况。例如，如果自来水配套工程已经实际施工并完成了验收，但付款方一直未支付工程款，那么施工单位可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
- 在实际操作中，可能还需要考虑其他因素，如工程款的支付方式（一次性支付还是分期付款）、支付时间（施工前支付还是施工后支付）、支付比例等。
综上所述，承包小区自来水配套工程的付款责任通常取决于具体的合同约定以及相关的法律法规。在处理此类纠纷时，建议首先查看合同中的相关约定，并参照法律法规进行综合分析。如果无法确定付款责任或存在争议，建议咨询专业律师或相关机构进行进一步的法律咨询和争议解决。