主体已封顶的情况下，通常不可以再办理施工许可证。下面我将从几个方面对此进行详细解释：

1. 施工许可证的办理时机：

   • 施工许可证是在建筑工程开工前，由建设单位向相关部门申请，并经审查合格后颁发的证件。它是建筑工程合法施工的凭证，也是建筑工程质量监督、安全检查等的重要依据。
   • 因此，按照正常的建设程序，施工许可证应当在建筑工程开工前办理，而不是在建筑工程已经进行到一定阶段（如主体已封顶）后再去办理。

2. 主体已封顶后的法律后果：

   • 如果建筑工程在主体已封顶后才去申请施工许可证，那么很可能面临被相关部门处罚的风险。因为这意味着建筑工程在未经许可的情况下已经进行了施工，违反了建筑法的相关规定。
   • 此外，即使后续补办了施工许可证，也可能因为前期的违法施工行为而影响工程的竣工验收、产权办理等后续环节。

3. 建议与措施：

   • 对于已经主体封顶但尚未办理施工许可证的建筑工程，建议建设单位立即停止施工，并尽快向相关部门咨询并补办施工许可证。
   • 在补办施工许可证的过程中，可能需要提供相关的证明材料，如工程规划许可证、土地使用权证、施工图纸等，以证明工程的合法性和合规性。
   • 同时，建设单位还应当积极配合相关部门的监督检查，确保工程的质量和安全。

综上所述，主体已封顶的情况下通常不可以再办理施工许可证。如果面临这样的情况，建议建设单位尽快采取措施补办相关手续，并咨询当地相关部门以获取具体的指导和帮助。如果你还有其他法律问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。