您好，针对您提出的“土地查封期间能否办理施工许可证手续”的问题，我为您整理了以下详细解答：
首先，我们需要明确的是，土地被法院查封通常意味着该土地的所有权、使用权等权益受到了法律的限制，以防止产权的转移或确保资产的价值。然而，这种查封并不直接等同于对土地上所有活动的全面禁止。
关于能否在查封期间办理施工许可证手续，这主要取决于法院查封的具体目的和范围，以及相关法律法规的规定。从您提供的参考信息中，我们可以得出以下几点关键信息：
法院查封的影响：根据深圳市规划和自然资源局的答复，如果土地被法院查封，且被执行人正在申请办理涉案项目规划审批手续（包括施工许可证等），那么根据人民法院协助执行通知书的要求，相关部门将停止办理相关手续。这意味着，在没有法院同意的情况下，查封土地上的建设项目通常无法继续办理施工许可证等手续。
法院同意的必要性：要想在查封土地上办理施工许可证等手续，必须获得法院的同意。如果法院认为继续建设符合查封目的，或者不会损害相关权益人的利益，那么它可能会出具同意意见书，允许办理相关手续。
法律法规的考量：虽然有些观点认为，法院的司法查封仅对土地的所有权、抵押权等权利转让进行限制，并不直接影响建设工程的规划许可和施工许可。但在实际操作中，由于施工许可证的办理涉及土地使用权的合法性和稳定性，因此法院查封往往会被视为一个重要的考量因素。
综上所述，土地查封期间能否办理施工许可证手续，主要取决于法院的态度和查封的具体情况。如果您有这方面的需求，建议尽快与法院取得联系，了解查封的具体要求和可能的解决方案。同时，也可以咨询当地的建设行政主管部门或专业律师，以获取更详细的法律建议和指导。