在交通事故致一人死亡且责任判定书下来后肇事者主责的情况下，协商赔偿后并不意味着法院就不会起诉。即使双方达成了赔偿协议，肇事者仍然可能面临刑事责任的追究。下面我详细为您解释一下：
刑事责任与民事赔偿的独立性：
- 交通事故致人死亡，如果肇事者负主要责任，那么根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，肇事者可能构成交通肇事罪，需要承担刑事责任。
- 民事赔偿是肇事者对受害者家属的经济补偿，与刑事责任是独立的。即使双方达成了赔偿协议，也不能替代或免除肇事者的刑事责任。
检察院的起诉决定：
- 检察院在决定是否起诉时，会综合考虑案件的具体情况，包括肇事者的行为、后果、社会危害性等。
- 谅解书和赔偿协议可以作为量刑时的参考情节，但并不能直接决定检察院是否起诉。
可能的法律后果：
- 如果检察院决定起诉，肇事者将面临法院的审判。根据案件的严重程度和肇事者的行为表现，法院可能判处相应的刑罚，如有期徒刑、拘役等。
- 同时，肇事者还可能面临交通管理部门的行政处罚，如吊销驾驶证等。
因此，在交通事故致人死亡且肇事者主责的情况下，即使双方达成了赔偿协议，肇事者仍然需要积极配合司法机关的调查和处理，并承担可能的法律责任。如果您或您的家属遇到了类似的情况，建议尽快咨询专业律师，以便更好地了解您的法律权益和后续处理方式。