当两个违法主体同时存在时，行政机关应分别对每个违法主体的违法行为进行独立调查、认定和处理。以下是对这一问题的详细解答：
独立调查与处理：
- 对于每个违法主体，行政机关都需要独立进行调查，收集相关证据，以确定其违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度。
- 根据调查结果，行政机关将分别对每个违法主体的违法行为进行认定，并依据相应的法律法规作出行政处罚决定。
遵循一事不再罚原则：
- 在处理两个违法主体的违法行为时，行政机关应严格遵循“一事不再罚”原则。即，对同一违法主体的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。
- 如果两个违法主体共同实施了某一违法行为，行政机关在处罚时应考虑其共同违法的性质、情节和后果，但仍需分别对每个违法主体进行处罚。
分别决定，合并执行：
- 在某些情况下，如果两个违法主体的违法行为相互关联，行政机关可以分别作出处罚决定，但合并执行。这通常发生在违法主体之间存在共同违法行为或违法行为相互牵连的情况下。
- 合并执行时，行政机关应综合考虑各违法主体的违法情节、社会危害程度以及处罚的公正性和合理性，确保处罚结果既符合法律法规，又能够体现对违法行为的惩戒和教育作用。
特殊情况处理：
- 如果两个违法主体之间存在法律竞合或共同违法的情况，行政机关在处理时应根据具体情况进行合理裁量。
- 对于法律竞合，即一个行为同时触犯多个法律规范的情况，行政机关应根据特别法优于普通法、新法优于旧法等原则来选择适用的法律进行处罚。
- 对于共同违法，行政机关应分别对每个违法主体的违法行为进行认定和处理，并根据其在共同违法中的作用和情节来确定相应的法律责任。
综上所述，当两个违法主体同时存在时，行政机关应分别对每个违法主体的违法行为进行独立调查、认定和处理，并严格遵循一事不再罚原则。在特殊情况下，如法律竞合或共同违法时，行政机关应根据具体情况进行合理裁量和处理。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。