针对您提出的问题，关于宝宝出生开始分居，第一次起诉离婚不判离，第二次起诉时宝宝超过两岁判给谁的问题，我将结合法律规定和实际情况为您详细解答。
核心结论：在离婚案件中，关于子女的抚养权问题，法院会综合考虑多种因素，包括子女的年龄、父母双方的抚养能力、抚养条件以及子女的成长环境等，以最有利于子女成长为原则进行判决。宝宝超过两岁后，并不直接决定抚养权的归属，而是作为法院综合考量因素之一。
详细分析：
法律规定：
- 根据《民法典》及相关司法解释，离婚后子女的抚养权问题，应以最有利于子女成长为原则进行判决。
- 法院会考虑子女的年龄、性别、健康状况、父母双方的抚养能力、抚养条件、与子女的感情联系以及子女的成长环境等因素。
宝宝年龄因素：
- 宝宝超过两岁后，其年龄不再是决定抚养权归属的唯一或主要因素。法院会结合其他因素进行综合判断。
父母双方条件：
- 法院会评估父母双方的抚养能力、抚养条件，包括经济状况、生活环境、教育背景等。
- 父母双方与子女的感情联系以及能否为子女提供稳定、健康的成长环境也是重要考量因素。
特殊情况：
- 如果一方存在严重疾病、虐待子女、对子女成长有不利影响等情况，法院可能会倾向于将抚养权判给另一方。
法院裁量权：
- 在具体案件中，法院会根据实际情况进行裁量，确保判决结果最有利于子女的成长。
建议：
- 在准备第二次起诉离婚时，您可以收集相关证据，如自己的抚养能力证明、子女的生活照片、视频等，以证明您能够为子女提供更好的成长环境。
- 同时，了解对方的抚养条件和抚养能力，以便在法庭上进行有针对性的陈述和辩论。
- 如有必要，可以寻求专业律师的帮助，进行法律咨询和代理诉讼。
综上所述，宝宝超过两岁后，离婚案件中子女的抚养权归属并非一成不变，而是由法院根据最有利于子女成长的原则进行综合判断。因此，在准备第二次起诉离婚时，您应充分准备相关证据和材料，以争取子女的抚养权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。