针对您提出的“被判巨额财产来源不明罪后调查清楚为犯罪所得怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确巨额财产来源不明罪的基本定义和法律规定。巨额财产来源不明罪，是指国家工作人员的财产、支出明显超过其合法收入，且差额巨大，而该工作人员无法说明这部分超额财产的来源。此罪行在《中华人民共和国刑法》第三百九十五条中有明确规定，并附带相应的法律责任与处罚标准。

若在被判巨额财产来源不明罪后，经过进一步调查，确实证明这部分财产为犯罪所得，那么处理方式将遵循以下原则：

1. 追缴与没收：

   • 根据法律规定，对于巨额财产来源不明罪中无法说明来源的财产差额部分，将被视为非法所得，并依法进行追缴。若后续调查确认这些财产为犯罪所得，同样会进行追缴，并可能依法予以没收。

2. 量刑调整：

   • 在原判决基础上，若调查清楚这部分财产确实为犯罪所得，法院可能会根据新的证据和事实对量刑进行调整。具体来说，如果原判决已经考虑了部分财产来源不明的情况，而后续调查确认了更多犯罪所得，那么量刑可能会相应加重。

3. 法律程序：

   • 对于新发现的犯罪所得，司法机关将依法进行侦查、起诉和审判。这可能涉及对原有判决的修改或补充，以确保法律的公正执行。

4. 被告人权利：

   • 在整个法律过程中，被告人享有充分的辩护权和申诉权。如果被告人对调查结果或判决有异议，可以依法提出申诉或上诉。

综上所述，被判巨额财产来源不明罪后，若调查清楚为犯罪所得，这部分财产将被依法追缴并可能没收。同时，法院可能会根据新证据和事实对量刑进行调整。在整个法律过程中，被告人应积极配合调查，并充分行使自己的辩护权和申诉权。