如果巨额财产来源不明罪后来查明财产是合法的，确实需要通过再审程序来进行改判。以下是详细分析：
法律依据与解释
巨额财产来源不明罪的构成：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百九十五条第一款，国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，若不能说明来源，差额部分以非法所得论，将受到相应的刑事处罚。
查明合法后的处理：
- 若在后续的调查或审判过程中，查明之前被认定为“来源不明”的巨额财产实际上是合法的，那么原判决基于的事实基础将不复存在。
- 在这种情况下，为了维护司法公正和被告人的合法权益，应当通过再审程序对原判决进行审查并作出相应的改判。
再审程序：
- 再审程序是刑事诉讼中的一项重要制度，旨在纠正可能存在的错误判决或裁定。
- 当有新的证据出现，或者原判决、裁定认定事实的主要证据不足、适用法律错误时，可以启动再审程序。
实际操作与建议
申请再审：
- 被告人或其法定代理人、近亲属可以依法向人民法院提出再审申请，并提交证明财产合法性的相关证据。
- 人民法院在收到再审申请后，应当组成合议庭进行审查，并根据审查结果决定是否启动再审程序。
改判结果：
- 如果再审法院认定原判决确实存在错误，且查明财产来源合法，那么将会对原判决进行改判，撤销或变更原有的刑事处罚。
- 改判结果将直接影响被告人的合法权益，因此被告人应当积极行使自己的诉讼权利，争取公正的审判结果。
综上所述，巨额财产来源不明罪后来查明财产是合法的，确实需要通过再审程序来进行改判。这是为了维护司法公正和被告人的合法权益，确保法律的正确实施。如果你或你身边的人面临类似问题，建议尽快咨询专业律师，以便获得更具体的法律帮助和指导。