关于“不能证明属于农民工工资时，总包单位是否承担责任”的问题，这确实是一个涉及劳动工伤和工资福利领域的复杂问题。以下是我的详细解答：
首先，明确结论：在不能证明某笔款项属于农民工工资的情况下，总包单位是否承担责任，取决于多个因素，包括但不限于合同约定、法律法规、以及实际情况等。不能一概而论地说总包单位一定承担或不承担责任。
接下来，从多个角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果总包单位与分包单位或农民工之间有明确的合同约定，且合同中明确规定了工资支付的相关条款，那么总包单位可能需要根据合同约定承担相应的责任。
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，那么就需要根据法律法规和实际情况来判断。
法律法规角度：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，总包单位对分包单位劳动用工和工资发放等情况有监督责任。
- 如果总包单位未能履行监督责任，导致农民工工资被拖欠，那么总包单位可能需要承担相应的法律责任。
- 但如果某笔款项无法证明是农民工工资，且总包单位已经按照法律法规和合同约定履行了相应义务，那么总包单位可能不需要承担责任。
实际情况角度：
- 在实际操作中，如果农民工无法提供足够的证据证明某笔款项是工资，那么这可能会影响其维权的效果。
- 此时，农民工可以尝试通过其他途径来维护自己的权益，比如向劳动监察部门投诉、寻求法律援助等。
- 总包单位在面临此类情况时，也应积极配合相关部门进行调查，并根据实际情况采取相应的措施。
综上所述：在不能证明属于农民工工资的情况下，总包单位是否承担责任需要综合考虑合同约定、法律法规以及实际情况等多个因素。因此，无法给出一个简单的答案。如果农民工或总包单位在此类问题上遇到困难，建议咨询专业律师或相关部门以获取更具体的法律建议和帮助。作为专业律师，我在建设工程和劳动纠纷领域有着丰富的经验，如果您有任何相关问题，都可以直接向我咨询。