针对您提出的问题，关于历史上搭建的房屋在98年补办了建设占地许可及建设工程规划许可证后是否合法，我的分析如下：

结论：在补办了建设占地许可及建设工程规划许可证后，该房屋在法律上通常被视为合法建筑。

分析说明：

1. 补办证件的法律效力：

   • 建设占地许可和建设工程规划许可证是房屋建设合法性的重要证明。
   • 补办这些证件意味着相关部门对房屋建设的合法性进行了追认，即虽然房屋是在未取得许可的情况下建造的，但通过补办手续，其合法性得到了确认。

2. 历史遗留问题的处理：

   • 在实践中，对于历史遗留的违法建筑问题，政府往往会采取一定的措施进行妥善处理。
   • 补办证件通常就是政府处理这类问题的一种方式，旨在规范建筑管理，保护建筑所有人的合法权益。

3. 法律后果：

   • 补办证件后，房屋在法律上通常不再被视为违法建筑，因此不会受到相应的法律处罚。
   • 同时，房屋所有人也享有了合法的建筑权益，如产权登记、转让、出租等。

4. 特殊情况说明：

   • 需要注意的是，虽然补办证件通常能够解决历史遗留问题，但在某些特殊情况下，如房屋存在严重的安全隐患、违反城市规划等，即使补办了证件，也可能无法完全消除其违法性。
   • 此外，补办证件的具体程序和要求可能因地区而异，需要咨询当地相关部门以获取准确的信息。

综上所述，历史上搭建的房屋在98年补办了建设占地许可及建设工程规划许可证后，通常被视为合法建筑。但具体情况还需根据当地的相关法律法规和实际情况来判断。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。