是否承担责任需根据具体情况分析，不能一概而论。下面我将从法律角度对此进行详细分析：

一. 公司制度与惯常操作的关系

1. 公司制度的重要性：公司制度是公司内部的“法律”，它规定了员工的行为规范和公司的运作流程。制度的存在，旨在确保公司运营的规范性和一致性。
2. 惯常操作的法律地位：惯常操作，即公司内部的通常做法或习惯，并不等同于公司制度。在没有明确制度规定的情况下，惯常操作可能作为一种实际上的“规则”被遵循，但它不具有制度的强制性和明确性。

二. 责任承担的判断依据

1. 过错原则：在一般法律责任判断中，过错是承担责任的重要因素。如果员工按照惯常操作批流程，且该操作并未违反任何明确的公司制度或法律法规，那么员工通常不应承担责任。
2. 损害结果：责任的承担往往与损害结果相关联。如果员工的批流程行为导致了公司或他人的损失，且该损失与员工的行为有直接的因果关系，那么员工可能需要承担相应的责任。

三. 具体情境分析

1. 若公司明确认可惯常操作：尽管没有书面制度，但如果公司高层或相关部门明确认可并鼓励这种惯常操作，那么员工按照此操作通常不会承担责任。
2. 若公司未明确认可，但员工无过错：在公司未明确表态的情况下，员工按照惯常操作且并未出现过错（如疏忽、故意等），则员工通常不应承担责任。
3. 若员工存在过错或违规行为：即使按照惯常操作，但如果员工在操作过程中存在过错（如未尽职审查、故意违反等）或该操作本身违反了法律法规或公司其他明确规定，那么员工可能需要承担责任。

综上所述，在没有公司制度明确约定的情况下，员工按照惯常操作批流程是否承担责任，需根据具体情况分析。如果员工的行为并未违反任何明确的公司规定或法律法规，且没有导致损害结果，那么员工通常不应承担责任。然而，为了规避潜在风险，我建议公司应尽快完善相关制度，明确员工的行为规范和责任界限。同时，员工在操作过程中也应保持谨慎，确保自己的行为符合公司要求和法律法规。如有进一步需要，您可以继续咨询我。