关于“超市的损耗店长是否会赔”这个问题，我们可以从以下几个方面来详细分析：

1. 损耗率规定与责任：

   • 各大超市通常会设定一个合理的损耗率区间，比如0.3%至1%之间。在这个范围内，店长和员工一般不需要为超额损耗承担责任。
   • 如果损耗率超过了这个设定范围，那么店长及员工可能需要承担相应的责任。

2. 店长如何规避责任：

   • 店长可以通过设立明确且合理的损耗率上限来确保合规性，仅当损耗超出此上限时才采取相应的惩罚措施。
   • 对于金额的差异考核，应与具体金额直接挂钩，以便明确处罚额度。
   • 如果同时存在账面亏损和账面盈利物资，可以允许两者对应的金额相互抵消，以实现净盈亏平衡。

3. 人员编制与差异率：

   • 库房的差异率设定应根据库管人员的数量进行相应调整。如果要求一人承担多位同事的工作负荷，那么差异率的衡量指标也应随之提升。

4. 罚款限制：

   • 库管人员所面临的罚款最高限额应仅限于其奖金部分，基本工资是受到《中华人民共和国劳动法》保护的，不得随意扣除。

5. 法律责任：

   • 如果店长或员工利用职务上的便利，将超市财物非法占为己有，且数额较大，那么可能会触犯《中华人民共和国刑法》的相关规定，面临刑事处罚。

综上所述，超市的损耗店长是否会赔，主要取决于损耗率是否超过了超市设定的合理范围，以及店长和员工是否有违规行为。如果损耗在合理范围内，或者店长能够证明自己没有过错，那么一般不需要承担赔偿责任。但如果损耗超过了设定范围，或者店长有违规行为，那么可能需要承担相应的责任，包括赔偿责任甚至刑事责任。因此，店长应密切关注超市的损耗情况，并采取有效措施来确保损耗在合理范围内。