农村自建房确实可以签合作协议，而且签订合同是非常有必要的。下面我为您详细解释一下原因和合同中应包含的内容。

首先，合同在农村自建房过程中起到了至关重要的作用。它就像是一副“保障眼镜”，能够清晰地明确建房双方（通常是建房方和承包方或发包方）的权利与义务。通过签订详细的合同，双方可以明确房屋的面积大小、结构设计、造价预算、付款的具体方式以及工期的安排等关键细节。这样，在建房过程中，双方都能心中有数，避免因为沟通不畅或理解差异而产生的纠纷。

其次，合同还能有效保障双方的权益。对于建房方来说，合同可以规定承包方必须保证施工质量，不能偷工减料，确保房屋的安全性和质量。而对于承包方来说，合同则可以规定发包方必须按时付款，不能拖欠。如果是包工包料的情况，合同还得详细规定材料的质量标准以及所使用的品牌等，以确保材料的质量也有保障。

最后，如果没有签订合同，一旦在建房过程中出现任何问题，双方的权益就很难得到有效的保障。比如，关于房屋面积的具体约定、付款方式、施工质量标准等都没有书面依据，就很难判定双方的责任。这很容易导致纠纷陷入难以解决的境地。

因此，为了让农村自建房过程顺利进行，避免不必要的麻烦和纠纷，建议双方最好签订一份详细、全面的合作协议。在签订合同时，双方应该充分沟通、协商，并确保合同内容真实、合法、有效。这样，才能让双方都安心，并确保农村自建房项目的顺利进行。