开发商与村民（动迁户）之间能否签订协议合同，这确实是一个涉及法律资格和程序的问题，需要具体分析。
首先，结论前置：开发商与村民签订协议合同的有效性，主要取决于开发商是否具备相应的法律资格、是否遵循了法定程序，以及双方是否是在自愿、平等的基础上进行协商。
接下来，我们详细分析：
合法签订协议的情形：
取得拆迁许可：在符合相关法律法规的前提下，如果开发商已经取得了房屋拆迁许可证，那么它就有资格与被拆迁的村民签订拆迁补偿安置协议。这类协议会明确补偿方式、金额、安置用房的面积和地点、搬迁期限等关键条款。
民事协商收购：对于集体土地上的房屋，如果开发商与村民基于平等自愿的原则，就房屋的转让、收购等事宜达成一致，双方可以签订民事协议，如房屋买卖合同。但这类协议必须确保双方意思表示真实，且不违反法律法规的强制性规定。
政府授权：在某些特定的征收项目中，如果开发商得到了政府的明确授权，那么它也可以作为征收实施单位与村民签订补偿安置协议。这种授权通常涉及严格的法律程序，并需要政府出具相应的授权文件。
不合法签订协议的情形：
政府主导的征收项目：在政府主导的征收项目中，由于是为了公共利益的需要，具有行政强制性，因此开发商不能以自己的名义与村民签订协议。此时，应由房屋征收部门与被征收人（村民）签订补偿协议。
未取得合法拆迁资格：如果开发商没有取得相关的拆迁许可文件或者不符合拆迁主体资格要求，如未按照规定办理建设用地规划许可证、国有土地使用权批准文件等，那么它就不具备合法的拆迁资格。在这种情况下，开发商与村民签订的协议可能会被认定为无效。
最后，给村民的实际操作建议：
在与开发商签订任何协议之前，村民应仔细核查开发商是否具有相关的法律资格或政府授权。这包括查看拆迁许可证、政府授权文件等。
鉴于拆迁问题涉及复杂的法律关系和利益纠葛，建议村民在签订协议前咨询专业的法律人士，以确保自身权益得到充分保护。
在协商和签订协议的过程中，村民应妥善保留所有相关证据，如沟通记录、协议文本、支付凭证等，以备不时之需。
综上所述，开发商与村民之间能否签订协议合同，取决于具体的法律情形和开发商的法律资格。村民在签订协议前应谨慎行事，确保自身权益不受损害。