针对您提出的“纳税人因商品房买卖合同纠纷经法院调解解除合同持民事调解书不能退还契税”的问题，我分析如下：

结论：在商品房买卖合同纠纷中，若经法院调解解除合同，并持有民事调解书，契税的退还情况需根据具体税收法规及政策来确定，并非一定不能退还。

分析说明：

1. 合同解除与契税退还的关系：

   • 契税是基于房屋买卖行为而征收的税种，其退还与否通常与房屋买卖行为的实际履行情况相关。
   • 当商品房买卖合同经法院调解解除后，意味着买卖行为在法律上已被终止。因此，从逻辑上讲，契税的征收基础已不存在，理应存在退还的可能性。

2. 税收法规及政策的影响：

   • 契税的退还需遵循国家税收法规及政策的相关规定。不同地区的税收政策可能存在差异，因此需具体查询当地税务部门的相关规定。
   • 在某些情况下，即使合同解除，契税也可能因特定政策或规定而不予退还。例如，如果政策规定契税在房屋交易完成后即不可退还，那么即使合同解除，契税也可能无法退还。

3. 民事调解书的法律效力：

   • 民事调解书是法院对当事人之间纠纷进行调解后作出的法律文书，具有法律效力。
   • 持有民事调解书可以作为契税退还申请的有力证据之一，但并不能直接决定契税能否退还，还需结合税收法规及政策来判断。

4. 建议与行动：

   • 首先，建议您查阅当地税务部门关于契税退还的相关规定，了解具体的退还政策和流程。
   • 其次，您可以携带民事调解书及相关证明材料前往税务部门咨询契税退还事宜，并根据税务部门的指导进行申请。
   • 如果在申请过程中遇到任何问题或困难，您可以考虑寻求专业律师的帮助，以维护您的合法权益。

综上所述，契税的退还情况需根据具体税收法规及政策来确定。在申请契税退还时，建议您充分了解相关规定并携带相关证明材料进行申请。如有任何疑问或需要帮助，请随时向我咨询。