市场监管部门对没收的不合格食品进行销毁的依据主要来源于相关法律法规的规定。具体来说：

一、主要法律依据

1. 《中华人民共和国食品安全法》：该法明确规定了食品生产经营者应当保证其生产经营的食品符合食品安全标准，并对不合格食品的处理作出了相应规定。市场监管部门在执法过程中，对于发现的不合格食品，有权依法进行没收，并按照相关规定进行销毁。

2. 《中华人民共和国产品质量法》：该法也对产品的质量问题进行了规范，对于不合格的产品，包括食品，市场监管部门有权采取包括销毁在内的处理措施，以确保市场的产品质量和消费者的安全。

二、销毁程序与要求

1. 依法依规进行：市场监管部门在销毁不合格食品时，必须严格按照法律法规的规定进行，确保销毁过程的合法性和合规性。

2. 记录与监督：销毁过程中，通常需要做好详细的记录，包括销毁的时间、地点、方式、数量等，并接受相关部门的监督，以确保销毁工作的顺利进行和有效性。

3. 防止二次污染：在销毁不合格食品时，还应注意防止对环境和其他食品造成二次污染，确保销毁工作的环保性和安全性。

综上所述，市场监管部门对没收的不合格食品进行销毁的依据主要是《中华人民共和国食品安全法》和《中华人民共和国产品质量法》等相关法律法规的规定。在销毁过程中，必须依法依规进行，并做好记录与监督工作，以确保销毁工作的合法性和有效性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。