单位纵容双方自愿冒名顶替上班是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 单位纵容冒名顶替上班违反法律法规

1. 破坏劳动关系真实性：根据《中华人民共和国劳动合同法》，劳动关系的建立应基于合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。单位纵容冒名顶替上班，实际上是在默许和支持一种不诚实的劳动关系，这明显违反了诚实信用原则，破坏了劳动关系的真实性。
2. 法律后果与责任：单位作为劳动用工的管理方，有责任确保劳动关系的真实性和合法性。如果单位纵容冒名顶替上班，一旦因此引发劳动纠纷或工伤事故，单位可能面临额外的法律责任和经济赔偿风险。特别是在工伤认定和赔偿中，劳动关系的不真实可能导致赔偿程序复杂化和不确定性增加。

二. 单位可能涉及的违法行为

1. 共同违法：单位纵容冒名顶替上班，实际上是与冒名顶替者和被顶替者共同参与了违法行为。这种纵容行为可能构成对《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的违反。
2. 管理责任：单位作为管理者，有责任对员工的身份进行核实和管理。如果单位未尽到这一责任，导致冒名顶替上班的情况发生，那么单位在管理上存在明显疏漏，也可能因此承担法律责任。

三. 对单位的建议

1. 加强管理：单位应加强对员工身份的管理和核实，确保劳动关系的真实性和合法性。可以通过加强入职审查、定期核查员工身份等方式来防范冒名顶替上班的情况发生。
2. 依法处理：一旦发现冒名顶替上班的情况，单位应立即停止这种违法行为，并依法对涉事人员进行处理。同时，单位也应积极配合相关部门的调查和处理工作。

综上所述，单位纵容双方自愿冒名顶替上班是违法的，不仅破坏了劳动关系的真实性，还可能给单位带来额外的法律责任和经济赔偿风险。因此，我建议单位应严格遵守法律法规，加强员工身份的管理和核实工作，确保劳动关系的真实性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。