公司所有员工按最低标准缴纳五险和住房公积金是不完全合法的。下面我详细为你解释一下：

1. 社保缴纳规定：

   • 根据《社会保险法》及相关规定，社保的缴纳基数应当按照员工上一年度的月平均工资来确定，而不是简单地按最低标准缴纳。如果员工的实际工资高于最低标准，而公司却按最低标准缴纳，这是不合法的。
   • 同时，社保的缴纳比例也是法定的，公司不能随意调整。

2. 住房公积金缴纳规定：

   • 住房公积金的缴纳同样有明确的基数和比例规定。根据《住房公积金管理条例》，住房公积金的缴存基数为职工上一年度的月平均工资，且不能低于当地最低工资标准，也不能高于当地月平均工资的若干倍（具体倍数由各地规定）。
   • 缴存比例也通常由当地政府规定，公司和个人各自承担一定比例。

3. 实际操作中的合法性判断：

   • 如果公司所有员工的实际工资都恰好等于或低于当地最低社保缴纳基数和住房公积金缴存基数，那么按最低标准缴纳是合法的。
   • 但如果员工的实际工资高于这些基数，而公司仍然按最低标准缴纳，那么就是不合法的，可能面临法律风险和员工的投诉。

4. 法律建议：

   • 作为员工，如果你发现自己的社保和住房公积金没有按照实际工资缴纳，可以向公司提出质疑，要求公司按照法律规定进行缴纳。
   • 如果公司不予理睬，你可以向当地社保部门和住房公积金管理中心投诉，他们会依法进行调查和处理。

综上所述，公司所有员工按最低标准缴纳五险和住房公积金并不一定是合法的，具体要看员工的实际工资水平和当地的社保、住房公积金缴纳规定。如果你在这方面有任何疑问或问题，都可以直接向我咨询。