关于公司公积金按照最低标准缴纳是否合法的问题，这主要取决于当地的住房公积金缴存比例规定以及公司是否遵循了相关程序。

首先，根据《住房公积金管理条例》以及建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理的相关指导意见，单位和职工的住房公积金缴存比例通常不应低于5%，原则上不高于12%。这一比例是由设区城市（含地、州、盟）结合当地经济、社会发展情况，统筹兼顾各方面承受能力后合理确定的。因此，如果当地规定的最低缴存比例是5%，那么公司按照低于这个比例（如最低标准但低于5%）缴纳公积金就是不合法的。

然而，也存在一些特殊情况。例如，受疫情影响或其他特殊原因，缴存住房公积金确有困难的企业等用人单位，在符合条件的情况下，可以经职工代表大会或者工会审议通过后，依法申请缓缴住房公积金或降低住房公积金缴存比例，但最低通常不得低于3%，且累计期限一般不超过12个月。这种情况下，如果公司按照当地规定的特殊最低比例（如3%）缴纳公积金，并且已经履行了相关程序，那么这种缴纳方式是合法的。

另外，还需要注意的是，单位和职工的缴存比例应当相同，且缴存住房公积金的月工资基数也有相应的规定，原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或3倍（具体标准由各地根据实际情况确定）。

综上所述，公司公积金按照最低标准缴纳是否合法，取决于当地的最低缴存比例规定以及公司是否遵循了相关程序。如果公司缴纳的公积金比例低于当地规定的最低比例，且没有履行特殊情况的申请程序，那么这种缴纳方式就是不合法的。建议您查阅当地的住房公积金管理条例或相关政策文件，或者咨询当地的住房公积金管理中心，以获取更准确的信息。