个体户协议持股是受法律保护的。但前提是该持股协议必须符合法律规定，且内容合法有效。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《公司法》的相关规定，有限责任公司允许五十个以下股东出资设立，包括自然人。只要个体户的入股行为符合出资和设立程序要求，其持股就是合法的。
- 《合伙企业法》也允许自然人作为合伙人入伙，享有相应的权利并承担相应责任。因此，在合伙企业中，个体户的持股同样受到法律保护。
协议的有效性：
- 入股协议作为一种合同形式，必须基于双方真实意思表示，且内容不得违反法律法规的强制性规定。只有这样的协议才是有效的，才能为个体户提供法律保护。
- 协议中应详细列明各方的权利义务，包括但不限于出资方式、股权比例、利润分配、风险承担等。这有助于预防纠纷，并在纠纷发生时提供明确的法律依据。
权益保障：
- 个体户持股后，依法享有相应的股东权利或合伙人权益，如资产收益、参与重大决策、选择管理者等。
- 当个体户的合法权益受损时，可通过法律途径维权，包括提起诉讼等。
注意事项与风险防范：
- 在进行个体户持股前，应仔细审查相关法律法规和公司内部规定，确保持股行为的合法性和有效性。
- 个体户应提前了解并防范可能面临的法律风险，如内部纠纷、债务清偿等。建议制定详细的协议条款，并考虑设置争议解决机制。
综上所述，个体户协议持股在法律框架内是受到保护的。但为了确保自身权益得到有效保障，个体户在持股前应充分了解相关法律法规，谨慎签订持股协议，并积极采取措施防范潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。