国籍认定一般不可以通过司法判决避开不愿意配合的父亲。国籍认定是一个涉及个人身份和国籍法规定的复杂问题，通常需要遵循相关的法律程序和规定。在大多数情况下，国籍的认定需要考虑到父母的国籍、出生地点、出生时间等多种因素，并且需要父母的配合来提供相关证明文件和信息。

如果父亲不愿意配合进行国籍认定，这可能会给整个认定过程带来一些困难。然而，这并不意味着可以通过司法判决来避开父亲的配合。因为国籍认定是一个法律程序，需要遵循法律的规定和程序，而不能简单地通过司法判决来规避或改变。

在实际情况中，如果父亲不愿意配合，可能需要通过其他途径来解决问题，例如寻求法律援助、咨询相关机构或部门等。这些途径可能需要根据具体的法律规定和程序来操作，并且可能需要一定的时间和努力来解决问题。

总之，国籍认定是一个复杂的法律问题，需要遵循相关的法律程序和规定。如果遇到困难或问题，建议咨询专业的法律机构或部门，以获取更具体的法律建议和帮助。