在电动自行车和汽车发生交通事故且汽车负主要责任的情况下，不能仅扣留电动自行车。以下是对这一问题的详细分析：
责任判定与车辆扣留
责任判定原则：
- 交通事故的责任判定是依据当事人的行为对事故发生所起的作用以及过错的严重程度来划分的。
- 如果汽车被认定为负主要责任，那么意味着汽车驾驶人在事故中的过错程度较大，对事故的发生起到了主要作用。
车辆扣留规定：
- 车辆扣留通常是为了调查事故原因、收集证据或确保赔偿的执行。
- 扣留哪一方车辆，应基于事故责任判定和实际需要，而非仅基于车辆类型或事故中的损失大小。
扣留电动自行车的合理性：
- 如果电动自行车驾驶人在事故中无责任或责任较小，且没有违反交通法规的行为，那么仅扣留电动自行车是不合理的。
- 扣留车辆应基于事故责任和相关法律规定，确保公正、合理。
后续处理建议
报警并等待交警处理：
- 在发生交通事故后，双方应首先报警，并等待交警到场进行事故责任认定。
- 交警会根据现场勘查、证人证言、监控录像等证据，综合判断事故责任。
依据责任认定书协商赔偿：
- 在收到交警出具的事故责任认定书后，双方应根据责任划分结果协商赔偿事宜。
- 如果协商不成，可以依法向法院提起诉讼，通过法律途径解决赔偿问题。
保留证据，维护权益：
- 在事故处理过程中，双方应保留好相关证据，如现场照片、监控录像、医疗记录等。
- 这些证据在后续协商或诉讼中将起到重要作用，有助于维护自身权益。
综上所述，仅扣留电动自行车是不合理的，应基于事故责任判定和实际需要来决定是否扣留车辆。在事故处理过程中，双方应积极配合交警调查，依据责任认定书协商赔偿事宜，并保留好相关证据以维护自身权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。